北京儿童医院医院内分泌科开设肥胖与减重门诊，筛查导致肥胖的内分泌疾病(如垂体、肾上腺、甲状腺疾病、下丘脑综合征等)，评估营养状况，进行营养代谢状态分析，并对患者进行个体化减重指导，帮助患者达到并维持目标体重。
肥胖的原因可以是营养性肥胖，也可以是病理性肥胖。随着社会经济水平的发展，肥胖已成为严重影响国人健康的重要问题。高热量食品、久坐的生活方式、工作生活压力等不健康的生活方式是导致非病理性肥胖的主要原因。
北京儿童医院医院内分泌科矮小专业门诊根据患儿而且具体情况评估可能的诊断，如对于怀疑生长缺乏症的，或者低出生体重、家族性矮小症、特纳综合征等根据情况，选择运动试验，必要时住院进行生长激发实验。同时本亚专业有相应的矮小管理项目，分别进行生活方式干预或者治 疗。本亚专业定期发布的临床试验和医院及的研究试验。
巩纯秀主要研究方向为儿童糖尿病领域，涵盖儿童糖尿病流行病学研究、生存、代谢控制状况及胰岛素抵抗相关疾病范化研究。先天性高胰岛素性/新生儿糖尿病临床与遗传学研究。性腺研究主要包括婴幼儿乳房发育临床监测、DSD病因学及Kallmann综合征的基因学研究、小阴茎的、AAA综合征的遗传学研究、DSD患者体格发育研究、Silver Russule 综合征遗传学研究等。同时承担研究生教学以及留学生英文教学。