根据《招标投标法》相关规定，虽然承包人应发包人要求提交履约保函是应该的，但是承包人可以在保函形式和内容方面与发包人进行协商，增加索赔难度，制约发包人恶意索赔。承包人可以选择有条件保函以保障自己的权益，且将条件明确约定在保函条款中。如果发包人坚持让承包人提供无条件保函形式，则可以要求发包人拿出合法依据或者要求发包人提供支付工程款担保。
承包人在不得不提供履约保函的情况下，应该争取有利的保函条款。在实践中，有以下要点需要注意：
，保函的有限期应为闭口形式，具体可约定为竣工之日或监理工程师签发解除缺陷责任证书后的一个固定时间。
第二，索赔条款应约定发包人的书面索赔与担保人付款之间有一定的间隔时间，以使承包人有足够的时间与发包人谈判，将争端解决在担保人赔付之前。
第三，在征得发包人认可的基础上，履约保函的数额可随工程进度的完成而递减，担保人在保函该减额时应及时提醒承包人办理减额手续，一旦出现赔付，赔付的总金额不得超过担保额。
第四，其他约定。如可约定在监理工程师颁发工程移交证书后，发包人同意用维修保函来代替履约保函;发包人不得将保函转让给第三方等等。
履约保证金必须游离在工程造价之外，只作为中标方违约时招标方损失的补偿，招标人必须是具备招标能力的法人，其建设资金已经到位，不能把履约保证金作为工程造价的补充。因此，履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。
预付保函又称还款保函及退款保函，在贸易合同中还可以成为定金保函。在大额交易中，买方或业主在合约签订后的一定时间内预先需向供货方支付一定比例的款项作为执行合同的启动资金，由于该款项是对供货方在履约之前所作的预付，买方为了避免日后由于供货方拒绝履行义务或者无法履行义务，却不退款而无端遭到损失，通常要求供货方在买方预付之前的若干日内通过其银行开出预付保函，有银行作出承诺，一旦申请人未能履约或者是无法全部履约(不管这种行为是有意的或者是无意造成的)，担保行将在收到买方提出的索赔后，向其返还这笔与预付金额等值的款项，或者相当于合约尚未履行部分相当比例的预付金额，使买方能够顺利的收回所预付的款项。