在开始认证之前，组织需要明确其业务需求和目标。这包括确定所要认证的作用域以及相关的法规和客户要求。同时，还需要制定质量管理体系文件，并确保员工对其理解和遵守。组织需要建立适应AS9100标准要求的质量管理体系。这包括制定标准操作程序、工作指导书和记录表，以确保产品和服务的一致性和可追溯性。同时，还需要制定内部审核和管理评审的计划，以监控和改进质量管理体系的运行。
认证机构将对组织的质量管理体系进行的审核。这包括文件审核、现场审核和认证决策。文件审核是对质量管理体系文件的评估，现场审核是对实际操作的评估，认证决策是由认证机构根据审核结果决定是否发放认证证书。
申请需准备的资料
1、申请书、认证合同；
2、营业执照副本复印件、组织机构代码证副本复印件；
3、内审报告、内审计划、管理评审报告、管理评审计划；
4、产品所在阶段情况调查表；（视企业具体情况而定）；
5、产品实现流程图（产品工艺流程图）；
6、主要设备一览表；
7、质量手册、程序文件。
符合申请保密资格的企事业单位到相关部门开具《保密资格认证等级建议表》，相关部门包括军队资格审查申请受理点、军工集团公司、项目总承包单位或法律法规规定的有关部门。根据《保密资格认证等级建议表》进行保密要害部门、部位的建设和保密档案的建立。向国家或省级保密行政管理部门报送申请书和有关材料，军工保密资格认证委组织进行书面审查。