预付款保函 又称还款担保，是指向工程业主（受益人）保证，如申请人未能履约或未能全部按合同规定使用预付款时，则银行负责返还担保函规定金额（或未还部分）的预付款。预付款担保的担保金额不应超过承包人收到的工程预付款总额。
独立性保函则不同，它虽是依据基础合同开立，但一经开立，便具有独立的效力，是自足文件，担保人对受举益人的索赔要求是否支付，只依据保函本身的条款。 独立性保函一般都要明确担保人的责任是不可撤销的、无条件的和见索即付的。保函一经开出，未经受益人同意，不能修改或解除其所承担的保函项下的义务；保函项下的赔付只取决于保函本身，而不取决于保函以外的交易事项，银行收到受益人的索赔要求后应立即予以赔付规定的金额。见索即付保函就是独立性保函的典型代表。
应用上的相同之处 保函和备用信用证都是国际结算和担保的重要形式，在国际经贸往来中可发挥相同的作用，达到相同的目的。 在国际经贸交往中，交易当事人往往要求提供各种担保，以确保债项的履行，如招标交易中的投标担保，履约担保，设备贸易的预付款还款担保，质量或维修担保，国际技术贸易中的付款担保等，这些担保都可通过保函或备用信用证的形式实现。从备用信用证的产生看，它正是作为保函的替代方式而产生的，因此，它所达到的目的自然与保函有一致之处。实践的发展也正是如此。
适用范围非常广泛，可用于任何项目中对当事人履行合同义务提供担保的情况，常见用于工程承包、物资采购等项目。 在工程承包、物资采购等项目中，业主或买方为避免承包方或供货方不履行合同义务而给自身造成损失，通常都要求承包方或供货方缴纳履约保证金，以制约对方行为。履约保函是现金保证金的一种良好的替代形式。