生物医药洁净厂房人员净化：生物医药洁净厂房入口处应有净鞋设施；百级、万级洁净区的人员净化用室中，存放外衣和洁净工作服应分别设置。外衣存衣柜和洁净工作服柜按设计人数每人一柜；洁净工作服室内，对空气净化应有一定的要求；为保持生物医药洁净厂房洁净区域的空气洁净度和正压，洁净区域的入口处可设置气闸室或空气吹淋室。气闸室的出入门应有防止同时打开的措施。设置单人空气吹淋室时，宜按人数满编每30人设一台。洁净区域工作人员超过5人时，空气吹淋室一侧应设旁通门。
在疫苗生产中，有毒区与区要严格分区，并且有毒区要保持负压，保证毒物无外泄，对于单抗类的产品主要考虑有无细胞活性。主工艺流要考虑特殊工艺的要求，如要区分单体疫苗和联合疫苗、单价疫苗和多价疫苗、批次培养生产线和灌流培养生产线，联合疫苗肯定有一个联苗配制的过程，要考虑不同的分区，让几个单体单独生产，同时联合配制的过程也要更加方便。
主工艺流的分区也要考虑生产计划安排的要求，有的车间是单线生产，但有的车间是多产品共线的，企业不望一个生物反应器长期生产不饱和，需要尽可能多的去生产，或者在产品的新增过程中扩大批量，但不想扩大反应器，而是增加一个相同体积的反应器，这样的扩大批量比较容易实现扩大，风险较小。如果是多品种共线还要考虑是两品种交叉生产还是阶段性生产，基于这样的考虑对于防止交叉污染的措施就要考虑的充分一些。
医药洁净生产厂房的设计、施工、各配套技术系统的设计搭建、洁净家具和设备的安装，生产用原辅物料、包装材料质量、人净物净设施控制程序执行不利等都会影响产品质量