控制结垢有溶解、消除结垢和除垢两种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。 普通的除垢方法分化学方法和物理方法。 化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗耳恭听、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。
清洗太阳能热水器不仅是一种卫生习惯，更重要的是延长其使用寿命。如果太阳能热水器长时间不进行清洗的话，在热水器的内部就容易形成水垢，由于水垢中存在着多种的化学成分，长期水垢的积累和沉淀使得水中的有害物质不断增加，用这种水洗脸或者是洗浴就会出现皮肤过敏的问题。
夏季水桶内的热水使用后应及时加满(放心加水，只要玻璃管内有水就不会爆裂的，玻璃管内的水是放不出来的，除非长期不使用也没有加水，玻璃管内的水都被蒸发掉了，这种情况下有太阳照射时是不能加水的)，这样可以降低水桶内的水温，减少结垢，如果没有水温、水温显示仪的话，建议加装一个，这样可以方便地查看水桶内的水温和水位情况。要尽量使水桶内的水温低于80度，60-70度，这样就不会产生水垢了。夏季洗衣服、洗碗等都尽量使用热水，然后及时加满自来水，以降低水桶内的水温。夏天如果水桶内的水温过高，可用防晒网或其它物品将玻璃管罩住，降低太阳的照射。
太阳能热水器用户不知道，太阳能热水器运用二年以上水箱内都会有一层水污。这是由于水中溶有一定数量的钙镁盐类，如碳酸氢盐、碳酸盐等一同还富含泥沙和有机物等，这些盐类在受热进程中发生物理和化学变化而构成水垢，就像我们用电开水壶烧开水一样久了都会看到有一层水污。水中富含碳酸氢钙在水温添加进程中会分解生成难溶的碳酸钙。专注于太阳能热水器化学清洗。